A Bach-virágterápiás kezelés hatását számos tényező gátolhatja:

• Nem volt megfelelő a Bach-eszenciák kiválasztása (pl. ha mi saját magunknak állítjuk össze a keveréket, ugyanis önmagunk érzékelésében zavarok keletkezhetnek, vagy ha a kliens a terápiás beszélgetés során nem nyílt meg eléggé, ezért a terapeutának nem volt lehetősége a megfelelő szert megtalálni)

• A Bach eszenciák bevétele utáni kedvező változások sokszor olyan észrevétlenül történnek, hogy a harmonikus állapotot hamar természetesnek vagy normálisnak vesszük, ami logikus is, hisz minden virágkeverék valódi személyiségünkhöz visz közelebb minket.

• Az is előfordulhat, hogy a negatív állapot súlypontja nem a Bach-eszenciák hatásának szintjén van. Pl. a változó korban jelentkező hormonális változásokkal összefüggő hangulatingadozások nem harmonizálhatók egyedül a Bach-virágokkal.

• Gyakorta egyszerűen csak irreális elvárásaink vannak, abban reménykedünk, hogy a Bach-virágok által rövid időn belül egészen új ember lehet belőlünk. Pedig éppen a tartósan meglévő érzelmi minták kezelésénél van szükségünk türelemre.

• Sokan azt feltételezik, hogy a „több többet segít”, és egyidejűleg több különböző terápiának is alávetik magukat, anélkül hogy bármelyikre igazán ráállnának. Így nem is várható kielégítő eredmény.

• Valaki csak rábeszélt minket erre a kezelésre, mi magunk nem igazán érezzük szükségét.

• Számos esetben alakul ki stagnáló állapot akkor, ha a Bach-virágterápia során egy alapvető problémához nagyon közel kerültünk, amelynél tudat alatt leragadtunk. Az adott reakcióminták átalakításához valószínűleg alapvető változtatásra volna szükség, amelyre azonban még nem vagyunk felkészülve, mert nincs még hozzá elég lelkierőnk (pl. szakítás partnerünkkel, álláscsere, stb.). Ilyenkor a terápia megszakítása a célravezető, amíg azt nem érezzük, hogy már kellő erőnk van ahhoz, hogy a fejlődés következő lépését előkészítsük.

• Megakadhat a Bach-virágterápia folyamata akkor is, ha nem tudatosan ugyan, de valamelyik szinten mégis gátoljuk a kezelés előrehaladását. Ilyenkor meg kell vizsgálni, hogy milyen érzelmi minőség van a háttérben (pl. kételkedés, türelmetlenség, nem tudjuk milyen irányban menjünk tovább, stb.), és egy ennek megfelelő új virágkeverékkel ismét lendületbe hozhatjuk a pozitív irányú változás folyamatát.