Minden elektromágneses mező rendszer két alapkomponensből áll, a vezérlőkészülékből (impulzusgenerátor) és a tekercsekből (applikátorok), amelyekben az elektromos impulzus mágneses impulzussá alakul. Az elektromosságra merőlegesen mágnesesség keletkezik. A mágneses mező minden anyagon áthatol, ezt használja ki a terápia.

Eljárásmenetét tekintve a szövetek és a szervek oxigénellátásának javítására támaszkodik. A BEMER 3000 elektromágneses mezővel testazonos, a vérellátást szabályozó mechanizmus lép működésbe. A BEMER terápia a Földéhez hasonló mágneses térrel dolgozik, csak a hullámzása specifikus. Lényege, hogy a természetes, az egészség megtartására irányuló szabályozó folyamatokat segítse. Ez tulajdonképpen a kémiai reakciók létrejöttéhez szükséges energetikai feltételek megteremtését jelenti. Ennek eredményeként jobb vérkeringés, jobb sejtaktivitás és ezzel egyidejűleg a test saját szabályozó és védekező mechanizmusainak erősítése és aktivizálása érhető el.

A vörösvérsejtek (eritrocyták) korong alakúak, energiahiány esetén lapos falukkal egymáshoz tapadnak, ezáltal a véredényeken nehezen jutnak át. Ennek következtében csökken a sejtek vér, és ezáltal oxigén ellátása. Az eritrocyták alakjukat változtatni tudják, hogy az éren belül mozogni tudjanak. Magas savkoncentráció esetén csökken a vörösvértestek rugalmassága, vagy úgynevezett savmerevség lép fel, aminek következtében a vörösvértestek már nem tudnak átjutni a finom hajszálereken, és eltömítik azokat. Ez hiányos ellátáshoz vezet. A mágnesterápia hatására az összetapadt vörösvértestek szétválnak, javítja azok áramlását, és ez által az oxigén ellátást pozitívan befolyásolja. A test saját energiatermelését javítja, így biztosan pozitív támogatást jelent minden betegség esetén. A módszerrel sosem a betegséget kezeljük, hanem a szervezet energetikai állapotát javítjuk, amelynek hatására a sejtek regenerációja révén az öngyógyító folyamatok beindulnak.

A kezelés hatására a keringési jellemzők lényegesen javulnak, a használaton kívüli hajszálerek is újra aktívvá válnak, megnő a vérben keringő oxigén mennyisége, a szövetekben az oxigén parciális nyomása, a sejtekhez ez által több oxigén jut, ami javítja a sejtek anyagcseréjét. A vénás kiáramlás is felgyorsul, ami elősegíti a salakanyagok kiürülését. Mindezek hatására a sejtek energiája megnő, regenerációjuk felgyorsul, ezáltal jobban képesek lesznek ellátni feladatukat. A szervezet öngyógyító mechanizmusai aktiválódnak, beindul az ún. javító proteinek képződése, az immunrendszer is aktiválódik (az immunsejtek érfalon való megtapadása javul, amely az immunrendszer optimális működésének első lépése.) Vagyis a módszer azokat a folyamatokat támogatja meg, amelyek alapját képezik a test regenerációjának, és ezáltal a gyógyulásnak.